MicroScope - Guest Book

This is to testify the enthusiasm and willingness of my research group to be frequent users of MaGe (Magnifying Genomes)
A key feature of this program is to use available analysis programs such as gene prediction (Annotation of Microbial Genes; AMIGene), protein signatures, database searching, finding DNA repeat sequences, alignment programs, finding synteny groups, metabolism network reconstruction, etc, combine the results of these, and graphically present them in an intuitive way, thereby facilitating the analysis of large genomic regions.
MaGe functionalities allow to easily query results from comparative genomic analysis in order to retrieve the set of genes shared by two or more Burkholderia species, or the set of specific genes or regions in one genome compared to several other bacterial genomes.
Definitely, the use of MaGe was very important for the success of our investigation.

Arsenio M FIALHO, Institute for Biotechnology and Bioengineering, Instituto Superior Técnico, Lisbon, Portugal

The graphical interface MaGe is offering and the many tools, which are implemented, allow an uncompared easy and high quality annotation and analysis. In particular, the graphical representation of the syntheny between the genomes is very helpful for our comparative analysis.
We had already experience in genome analysis and annotation before using MaGe and know several different annotation tools, however, MaGe is one of the best ones we have used.
Furthermore, communication with the MaGe team is very easy and effective, allowing also personal requirements and demands to be fulfilled. The initial training, which is offered to learn how to effectively use this database, is well organized and very informative.

Carmen BUCHRIESER, Institut Pasteur, Biologie des Bactéries Intracellulaires, Département Génomes et Génétique, Paris, France

Sequence analysis and annotation can be an extremely tedious task, but the Microscope platform and in particular its MaGe web interface have allowed us to keep track of, combine and integrate different types of up-to-date bioinformatic information on our projects. This has not only facilitated our efforts to define the best possible manual annotation of genes in genomes of interest, but have also lead us to new, biologically significant insights.

I would like to make special mention of the fantastic quality of interaction with the MaGe team, both by email and by phone. The MaGe team obviously makes it a point of honour to satisfy the demands of the scientists involved in the several dozens of annotation projects they manage in the most efficient, but also most friendly manner. As a consequence and further bonus, the Microscope platform is continuously being optimised.

It should come as no surprise, therefore, that Microscope has been, for us as well as for others, a crucial catalyst in the development of prestigious international collaborations with colleagues abroad.

The Microscope platform has thus proved invaluable to us in contributing to the productivity of our research [...]. That this fantastic tool could be set up within the constrained context for Science in France only increases my admiration and gratitude towards Genoscope for setting it up.

Stéphane VUILLEUMIER, Génétique Moléculaire Génomique Microbiologie, Département Microorganismes Génomes Environnement, UMR 7156, Strasbourg, France

The MaGe interface is one of the most valuable bioinformatics tools for analyzing genomes available today. In addition to its high-quality gene prediction algorithms, MaGe provides an outstanding set of capabilities that are not available together on any other platform, that include such features as synteny analysis, metabolic pathway prediction, and genomic island prediction, among many others. Moreover, the MaGe platform is continually evolving in response to user needs.

We have used these capabilities in two major efforts with which I have been involved, whose successes rest in large measure on the MicroScope.
The AGC team, led by Claudine MEDIGUE, provided sustained guidance for individual genome annotation, both technically [...] and personally, by providing expertise and training to achieve the best possible analytical outcomes.
This platform is thus crucially important, to maintain a sound fundamental basis for future biological discovery.

Alison M. BERRY, Dpt. of Plant Sciences, College of Agricultural and Environnemental Sciences Davis, California, U.S.A.

We have previously used other annotation pipelines [...] to annotate novel bacterial genome sequences before in early 2008 we have begun to use your MicroScope platform and particularly its web graphic component, MaGe.

From our experience in using these different genome annotation platforms I can state that MaGe is clearly superior in almost each relevant aspect. I should also state that the user support provided by your team is excellent.
The response time and quality of feedback to individual user queries has always been superb.

Christoph DEHIO, Focal Area Infection Biology, Basel, Schweiz

The platform was very user friendly and helped us very much to understand complex metagenomes.
The MaGe team was always very helpful and reacted very fast to our questions, and gave very good advice. This excellent collaboration with the Mage team and Genoscope resulted so far in several joint papers, and one manuscript was even published in Nature (Strous et al Nature 2006).
I strongly support the Mage platform, and will continu to use the system in the future to analyse our metagenomes.

Mike JETTEN, Dpt. of Microbiology, Institute for Water & Wet land Research, Nijmegen, the Netherlands

The effectiveness of MaGe as a research tool should not distract attention from its value as a teaching ressource. Novice investigators are enthralled by the aboundance of genomic information that MaGe brings to our fingertips, and young scientists grow as their quests are fully rewarded. If questions do arise, the MaGe team always provides a clear and rapid response. I can not imagine scientific life without MaGe [...]

Nicholas ORNSTON, Dpt. of Molecular Cellular and Development Biology, New Haven, Connecticut, U.S.A.

With the help of the MaGe system we could recently finish the annotation of the first fully sequenced Nitrospira genome. This was only possible, because MaGe offers (i) a very powerful pipeline of automated sequence analyses [...], and (ii) outstanding options for comparative genomics studies [...]. This unique combination of features makes MaGe a highly suitable platform for maybe one of the greatest challenges in the future of Microbiology, which is the functional analysis of genomes and metagenomes from complex communities of mainly uncultured and hardly studied microorganisms. Importantly, all functionality of MaGe is exposed to the user through a very convenient graphical interface.

Perhaps even more important than the high quality of the annotation platform itself is the very easy and fruitful intercation with the MaGe development team [...]. Whenever we had questions or suggestions concerning the use of MaGe, the team responded promptly and seriously considered the issues we had raised. [...] This close interaction between developers and users is one reason of why MaGe is without any doubt among the most feature-rich and mature platforms for genome annotation and comparison available.

Holger DAIMS, Dpt. für Mikrobielle Okologie, Vienna, Austria

MicroScope nous est extrêmement précieux pour l’annotation experte de nos génomes [...]. L’organisation bien structurée de ces informations et l’utilisation de bases de données propres « curées » sont des atouts importants, permettant une démarche d’analyse rationnelle avec un degré élevé de confiance.
La visualisation de multiples génomes de référence en cartes de synténie est particulièrement appréciée pour l’annotation relationnelle et nos analyses de génomique comparative.
De plus, nous avons pu apprécier la réactivité de l’équipe [...] par rapport à nos demandes de personnalisation de certaines données ou références, permettant d’optimaliser notre travail.
Je soutiens très chaleureusement le développement de cette plate-forme, dont peu d’équivalents existent au niveau mondial et qui m’apparaît donc un outil indispensable au service de la communauté des biologistes.

Philip SUPPLY, Institut Pasteur, INSERM U629, Lille, France

Les développements apportés par cette plateforme sont remarquables et nous ont permis rapidement de réaliser une analyse de génomique comparative qui a par la suite été publiée dans la revue Science (Giraud et al., Science. 2007 Jun 1;316(5829):1296-7).
Nous bénéficions [...] de la souplesse et des performances de l’outil MAGE.
Nous souhaitons poursuivre dans l’avenir cette collaboration fructueuse et incontournable pour notre laboratoire.

David PIGNOL, Laboratoire de Bioénergétique Cellulaire, LBC/IBEB, CEA Cadarache, Saint Paul Les Durance, France

Le logiciel MaGe s’est rapidement imposé comme un outil incontournable dans toutes les activités du laboratoire. Initialement utilisé avec succès dans l’annotation des génomes, il est devenu un outil d’usage courant [...]. Il nous permet d’avoir accès aux informations fonctionnelles des gènes, de les replacer dans leur contexte génomique et enfin d’extraire rapidement les séquences nous permettant de réaliser amorces et constructions génétiques
MaGe est l’outil de référence pour entrer dans le génome de l’espèce. à ce titre, nous tenons à féliciter et à soutenir vivement l’équipe [...], qui non seulement a mis en place ce logiciel, mais aussi le maintien à jour avec l’intégration de nouveaux génomes, et enfin reste à l’écoute des utilisateurs pour incorporer des suggestions et permettre à cet outil de s’adapter à l’évolution des techniques.

Olivier TENAILLON, INSERM U722, Ecologie et évolution des microorganismes, Paris, France
Erick DENAMUR, INSERM U722, Ecologie et évolution des microorganismes, Paris, France

MicroScope est de mon point de vue la plus aboutie des plateformes d’annotation et analyse de génomes. Cela est dû à 3 raisons principales:
- L’outil met ensemble une énorme quantité d’information d’une forme qui est à la fois très lisible pour l’utilisateur averti et très compréhensible pour l’utilisateur moins expérimenté [...].
- MicroScope est aussi une base de données très vaste sur des génomes bactériens ayant des annotations automatiques et expertes sur un grand nombre de gènes [...].
- Derrière MicroScope il y a une équipe [...] qui suit l’utilisation de l’outil par les biologistes, qui note leurs difficultés, forme les utilisateurs et les aide à efficacement annoter les génomes. Cette équipe fait aussi continuellement des changements dans la plateforme pour incorporer des nouvelles approches d’analyse de données génomiques.
MicroScope a été essentiel pour notre travail d’annotation et analyse de génomes.

Eduardo PIMENTEL CACHAPUZ ROCHA, Microbial Evolutionary Genomics, URA CNRS 2171, Institut Pasteur, Paris, France

J’ai personnellement été impliqué dans le projet d’annotation du génome de la bactérie Pseudomonas entomophila, génome qui a été séquencé par le Génoscope. En plus des données sur Pseudomonas, les membres de mon équipe et moi-même utilisons régulièrement les données de cette plateforme pour consulter les propriétés des génomes d’autres bactéries, notamment des enterobactéries.
Au cours de ces dernières années, j’ai pu apprécier la compétence et la disponibilité de Claudine MEDIGUE et de son équipe.

Frédéric BOCCARD, Centre de Génétique Moléculaire, CNRS, Gif-sur-Yvette, France

Nous avons utilisé la plateforme MaGe, qui est un outil exceptionnel tant par sa qualité (regroupement de tout un panel de fonctions dédiées à l’analyse d’un génome), sa convivialité (conception remarquable avec un souci d’accessibilité à de nombreux utilisateurs) et la réceptivité de l’équipe qui en assure le développement et la maintenance. Je voudrais ici souligner l’écoute de cette équipe et sa capacité à faire évoluer l’outil MaGe en réponse aux besoins des utilisateurs.

Catherine MASSON-BOIVIN, Laboratoire des Interactions Plantes Micro-organismes, UMR CNRS-INRA 2594/4411, Castanet, France

Depuis 3 ans, notre Laboratoire a un usage quasi-quotidien de cette interface web développée par le Laboratoire de Génomique Comparative. MaGe est facile d’utilisation et nous permet de comparer rapidement les génomes entre eux ou d’effectuer d’autres types de recherche dans ces génomes. L’utilisation de MaGe (Spiroscope) nous a permis d’annoter le génome de Leptospira biflexa (M. Picardeau et al. 2008) et d’analyser les séquences des autres génomes de leptospires déjà séquencés (Louvel et al. 2006, Bourhy et al. 2007).

Mathieu PICARDEAU, Unité de Biologie des Spirochètes, Institut Pasteur, Paris, France

Nous pouvons témoigner de la facilité d’utilisation de la plate-forme, de sa fiabilité, de sa puissance, et de sa capacité à évoluer.

Cette plate-forme constitue donc un outil performant et indispensable pour l’annotation des génomes bactériens. Le savoir-faire et la disponibilité de l’équipe de Mme MEDIGUE complètent cet outil informatique. Sans cette plate-forme, il nous serait en effet difficile d’exploiter aussi facilement les données du génome.

Florence WISNIEWSKI-DYé, Ecologie Microbienne, UMR CNRS 5557, Lyon, France
Patrick MAVINGUI, Ecologie Microbienne, UMR CNRS 5557, Lyon, France

L’unité de Microbiologie du Centre Belge pour l’Energie Nucléaire [...] collabore avec la plateforme MicroScope sur au moins trois projets dont deux sont étroitement liés à la recherche spatiale.
Ceci illustre la puissance du modèle d’analyse comparative mis au point par la plate-forme MicroScope qui est aussi un outil précieux pour apprécier les mécanismes d’évolution à l’œuvre dans les bactéries des environnements anthropogéniques (soumis à l’action récente de l’homme comme les environnements industriels ou cliniques).

Nous ne pouvons qu’espérer pouvoir continuer à collaborer avec la plate-forme MicroScope tant pour la qualité des outils développés et leur pouvoir heuristique que pour l’efficacité du dialogue avec les chercheurs de la plate-forme.

Max MERGEAY, Belgian Center for Nuclear Energy, Mol, Belgium

MaGe est rapidement devenu pour nous l’outil indispensable de notre recherche de part sa précision et sa facilite d’utilisation contrairement a bon nombre de systèmes concurrents.
La richesse des informations récoltées par MaGe dans les bases de données publiques [...] permet une annotation fine de chaque gènes. Cette annotation peut ensuite être consultée et analysée sous différents angles grâce aux nombreux outils d’exploration. Toutes ces fonctionnalités, et bien d’autres, rendent le système très complet et l’analyse d’un génome aisé.

Enfin, la réactivité de l’équipe des développeurs de MaGe au Genoscope rend l’interaction avec les utilisateurs à la fois facile et efficace.

Sebastien MONCHY, Brookhaven National Laboratory, Upton NY-11973, U.S.A.

Cette plateforme est extrêmement utile, conviviale et performante. Elle demande relativement peu de temps pour apprendre à en exploiter toutes les subtilités car sa construction est logique et possède un aspect visuel, qualités essentielles et tout à fait appréciables.
Outre l’aspect technique excellent de cette plateforme, l’utilisateur bénéficie d’un service très compétent et perpétuellement à l’écoute [...]. Des formations très didactiques sont régulièrement proposées aux nouveaux utilisateurs et peuvent même être adaptées et prodiguées à un groupe développant un nouveau projet.

Nicole TANDEAU de MARSAC, Unité des Cyanobactéries, Département de Microbiologie, Institut Pasteur, Paris, France

A chaque stade, nous avons pu apprécier le très grand professionnalisme de l’ensemble des personnes avec qui nous avons été amenés à travailler, qu’il s’agisse d’initier les nouveaux venus au maniement des outils informatiques, de répondre aux multiples sollicitations techniques ou de proposer des solutions pour aborder des questions biologiques spécifiques.

Le LGC, par les outils d’analyse bioinformatique qu’il met en place, constitue une structure unique en France et je ne connais pas beaucoup d’équivalent à l’étranger.

Philippe BERTIN, Ecophysiologie Moléculaire des Microorganismes, UMR7156 CNRS, Strasbourg, France

Cette plate-forme constitue un outil sans égal pour l’annotation des génomes bactériens. Notre équipe a participé à plusieurs projets de génomique bactérienne (Frankia, Acidothermus, Azospirillum, Nocardia), certains menés aux USA, d’autres sur la plate-forme MaGe et je peux témoigner de la souplesse, de la fiabilité, de la puissance, de l’évolution constante de ce système.

Cette plate-forme a été un des éléments déterminants dans le succès des projets de notre équipe. Le savoir-faire et la disponibilité de l’équipe de Mme MEDIGUE complètent bien l’outil informatique.

Philippe NORMAND, IFR41, Bioenvironnement et Santé, UMR CNRS 5557, USC INRA 1193, Villeurbanne, France

La qualité de l’outil développé par l’équipe de MaGe (mise à disposition des outils les plus adaptés à l’annotation fonctionnelle, interface graphique agréable et intuitive) ainsi que la qualité du partenariat en général, à travers une formation et la disponibilité de l’équipe, sous la direction de C. MEDIGUE, nous ont poussé à soumettre un second projet en 2008.
Le flux de données en génomique haut débit, la qualité des séquences générées et la puissance du pipeline d’annotation offert par MicroScope sont autant de facteurs de réussite pour élaborer de nouveaux outils de recherche et explorer nos bio-ressources.
En particulier nous apprécions le fait d’avoir avant tout, des biologistes de formation comme interlocuteurs, formateurs et partenaires.

Philippe PRIOR, CIRAD, Pôle de Protection des Plantes, Laboratoire de Pathologie et Génétique Moléculaire, La Reunion, France

Les fonctionnalités de MicroScope sont nombreuses. Nous utilisons en routine celles qui nous permettent d’annoter [...] ou de ré-annoter [...] les génomes.
L’équipe de l’AGC assure un suivi des bases de données et répond avec efficacité à la demande d’adaptation spécifique de ses bases.

Par conséquent, depuis 6 ans, l’AGC est pour l’équipe «Génomique et Facteurs de Virulence» du laboratoire EMIP un partenaire précieux et privilégié. [...] La réaction extrêmement positive de nos collègues [...] vis-à-vis de MicroScope montre que peu d’outils d’une telle convivialité et regroupant autant de fonctionnalités existent au niveau international.

Sophie GAUDRIAULT, UMR EMIP, INRA-UMII 1133, Montpellier, France

L’analyse de 2 souches de Bradyrhizobium photosyntétiques, faite de façon concomitante grâce à l’outil d’annotation MaGe, a permis de faire une découverte majeure dans le domaine d’étude des interactions plante-bactérie. Il a été démontré que ces bactéries utilisent un nouveau processus d’interaction Nod-indépendant pour rentrer en symbiose avec les légumineuses. Ce résultat marquant a été publié en 2007 dans la revue Sciences.
Il est à préciser que ce travail n’a pu être réalisé que grâce au soutien sans faille de la plate-forme MicroScope qui a assuré l’annotation automatique de ces génomes, la formation de l’ensemble des chercheurs français et américains à l’outil d’annotation experte MaGe et qui a été toujours présente pour répondre aux différentes sollicitations des chercheurs.
L’outil MaGe utilisé par la grande majorité des chercheurs du LSTM est devenu indispensable pour le développement de leurs différents programmes de recherche.

Eric GIRAUD, Laboratoire des Symbioses Tropicales et Mediterranéennes, UMR 113, Montpellier, France
Lionel MOULIN, Laboratoire des Symbioses Tropicales et Mediterranéennes, UMR 113, Montpellier, France

Personne dans notre équipe n’étant expert en bioinformatique, nous avons un réel besoin d’un outil facile d’accès et d’utilisation. Le logiciel MaGe développé au Genoscope est pour nous idéal car son interface est très conviviale, il est facile d’utilisation tout en ayant un très grand nombre de fonctionnalités. Il est, de tous les logiciels de bioinformatique disponibles que nous sommes amenés à utiliser, celui qui répond le mieux à nos besoins. Sa base de données étant régulièrement enrichie par l’addition de nouveaux génomes séquencés, MaGe devient un outil de plus en plus puissant.

Elisabeth CARNIEL, Unité de Recherche Yersinia, Institut Pasteur, Paris, France

L’existence de la plate-forme MicroScope assure [...] un positionnement très lisible au niveau international et, de surcroît, est en constante évolution dans un secteur extrêmement dynamique non seulement en biologie [...], mais aussi en informatique, en mathématiques.

Dominique SCHNEIDER, Adaptation et Pathogénie des Micro-organismes, UMR 5163, Grenoble, France